Bioseguridad

Análisis de datos laboratoriales, del manejo y de producción para descubrir indicadores de la salud entérica del conejo

Escrito por Oriol
Introducción:

La salud entérica del conejo industrial es una de las principales preocupaciones del sector, ya que a pesar de tener identificadas las enfermedades bacterianas, víricas y parasitarias más comunes, todavía existen muchas incógnitas sobre la relación entre diferentes patógenos infecciosos, las condiciones ambientales, la nutrición y el manejo.

Objetivo:

Desde junio del 2017 a mayo del 2019, el servicio técnico de Elanco en colaboración con varios veterinarios especialistas en cunicultura ha desarrollado un proyecto, llamado proyecto ISEC (Indicadores de la Salud Entérica del Conejo), para descubrir mediante análisis estadísticos, posibles indicadores, factores o correlaciones que ayuden a prever y a evitar altas mortalidades por causas digestivas. [registrados]

Materiales y métodos:

Se remitieron muestras de órganos digestivos (77%) o heces (23%) al laboratorio de diagnóstico, la mayoría de las muestras se enviaron acompañadas de un formulario de granja con datos de manejo y datos productivos de la granja, con la finalidad de poder analizarlos estadísticamente.

  • En total analizaron 382 muestras en laboratorio, se recogieron 348 informes de manejo y productividad en granja (correspondientes al 91% de las muestras analizadas), enviados por 32 veterinarios de 19 empresas productoras de España y Portugal.

Teniendo en cuenta el tamaño medio de cada una de las granjas, podemos estimar que se han analizado más de 250.000 conejas reproductoras dentro del proyecto.

Con las muestras recibidas en el laboratorio de diagnóstico, se realizó un panel digestivo específico para conejos, que incluye:

  • Cultivo e identificación bacteriana con el método MALDI-TOF.
  • Estudio de sensibilidad antibiótica en disco (método de Kirby Bauer).
  • Reacción en Cadena de la Polimerasa a tiempo real (qPCR) de Rotavirus tipo A, Escherichia coli (E. coli) gen eae, Clostridium (Cl.) perfringens, Cl. spiroforme, Bacteroides fragilis, Eimeria sp y Eimeria magna. Punto de corte Cq ≤ 38.
  • Estudio coprológico mediante la técnica de flotación en sulfato de Zinc de Protozoarios Eimeria y Nematodos digestivos, con resultados semicuantitativos de no se observa, se observan en cantidad baja, media o alta.

Gráfico 1. % de muestras por países.

El 85% de las granjas analizadas son de España mientras que el 15% restante son de Portugal.

Este panel cubre las principales enfermedades digestivas del conejo:

Enfermedades digestivas

Colibacilosis, Clostridiosis, Salmonelosis, Rotavirosis, Coccidiosis, Oxyuriosis y Enterocolitis Epizoótica, siendo esta última un síndrome muy estudiado pero muy desconocido del que sabemos que las disbiosis de la microbiota del ciego puede ser la principal causa(1), aunque recientes estudios(2) parecen mostrar que una nueva especie de Clostridium, en concreto el Cl. cuniculi, puede ser el causante principal de la enfermedad.

La hoja de información de la granja de donde procedía la muestra era rellenada por cada uno de los veterinarios responsables de la sanidad y productividad:

Datos solicitados

Edad de los conejos de donde se tomaban muestras para laboratorio (Gráfico 2), tipo de explotación, número de conejas reproductoras, número de bandas de producción, procedencia y tratamiento del agua de bebida, realización o no de restricciones de pienso o agua, utilización de coccidiostatos o antibióticos en los piensos, tratamientos curativos en agua, edad al destete, duración del engorde, mortalidad al destete y mortalidad en el engorde.

En el año 2019 se amplió la información añadiendo Kg de conejo producido por inseminación y peso final de los conejos.

Gráfico 2. Edad del conejo en días

Un 77% de las muestras procedían de conejos de engorde, un 19% de gazapos en lactación y un 3% de conejas reproductoras. Siendo la edad media de 43,26 días, sin tener en cuenta las reproductoras (N=348, Desviación estándar 9,73).

Resultados:
Resultados del analisis de las muestras en laboratorio:

En los resultados de la microbiología (Gráfico 3), podemos observar resultados muy diversos en la prevalencia de las bacterias:

Grafico 3. Prevalencia bacteriana

Tabla 1. Prevalencia bacteriana, vírica y de parásitos según el método de diagnóstico

 

Las técnicas de qPCR y de flotación también permitieron ver evoluciones significativas (P<0,05) en el tiempo, de las principales enfermedades digestivas. Por ejemplo, en E. coli eae y Rotavirus A.

Grafico 4. Evolución anual de la prevalencia

La prevalencia de E. coli EAE descendió un 40% y la prevalencia de Rotavirus descendió un 16%, en dos años

 

En el resto de patógenos se sigue la misma tendencia de reducción de positivos:

  • Cl. Perfringens pasa de un 27% a un 11%
  • Cl. Spiroforme de un 85% a un 68%
  • Nematodos siempre con prevalencia casi cero.
La excepción la vemos en la Coccidiosis, donde la prevalencia no muestra cambios significativos, 48% positivos en 2017, 75% en 2018 y se reduce al 59% en 2019.

Con estos resultados se demuestra que aun estando en un periodo con cambios importantes en el uso de los antibióticos, se está logrando una reducción de las patologías entéricas del conejo.

El estudio de sensibilidad a los antibióticos (antibiograma), toma especial relevancia en este momento que coincide con las recomendaciones de la Agencia del medicamento y de AVECU (Asociación de Veterinarios Especialistas en Cunicultura) para un uso responsable de los antibióticos en ganadería.

Los resultados que se obtienen en este proyecto de dos años, muestran una gran variabilidad de Resistencias dependiendo del antibiótico.

El uso responsable de antibióticos en cunicultura ha reducido el número de antibióticos utilizados de forma habitual en los piensos tanto de las conejas reproductoras cómo en los piensos de los conejos de engorde.

El pienso de la coneja ha pasado de estar medicado con una media de 1,04 antibióticos en 2017 a 0,53 antibióticos de media en 2019 y el pienso del engorde ha pasado de 2,17 a 1,6 antibióticos (datos de España y Portugal).

Grafico 5. Sensibilidad de E. coli a los antibióticos. En Roja el % de resistencia con su valor.

 

Esta reducción del uso de antibióticos en los piensos, es sin duda uno de los principales motivos de la disminución de las resistencias bacterianas de los principales antibióticos:

Durante el proyecto, sorprendió ver que la Apramicina con un 93% de resistencia en los estudios de sensibilidad (Gráfica 5), se utilizase en campo de forma eficaz para el control de las diarreas de los conejos.

Por este motivo se realizó un estudio comparativo de la sensibilidad de E. coli frente a Apramicina utilizando dos técnicas diferentes.

Grafico 6. Evolución en el tiempo (del 2017 al 2019) del % resistencia de varios antibióticos frente a E. coli.

Para ello se escogieron al azar 10 cepas de E. coli del proyecto ISEC, se realizó en todas ellas un estudio Kirby Bauer (antibiograma en disco) que calcula el tamaño en mm del halo de inhibición y un estudio CMI (Concentración Mínima Inhibitoria) que muestra la concentración más baja de un antibiótico que inhibe el crecimiento de una bacteria después de su incubación.

Tabla 2. Comparativo con 10 cepas de E. coli.

Resultó que 5 muestras fueron sensibles con el método CMI, mientras ninguna de ellas fue sensible con el antibiograma en disco.

Con este resultado más con una segunda réplica idéntica se estimó que cuando el halo de inhibición de la apramicina es mayor a 0mm será interpretada como sensible en un estudio CMI.

Resultados del analisis de los datos de manejo y productividad:

El análisis de distribución estadística define el tipo de granja, manejos y mortalidades de las explotaciones cunícolas que participaron en el proyecto ISEC:

  • Un 87% eran granjas de tipo cerrado, mientras que un 11% eran abiertas y un 2% semiabiertas
  • La mayoría, un 61% tenían entre 500 y 1500 conejas reproductoras, un 30% más de 1500 y un 9% menos de 500.
  • Un 51% trabajan a 1 banda, un 29% a 2 bandas, un 11% a 3 bandas y un 6% a más de 3 bandas.
  • El agua de las explotaciones proviene en un 56% de un pozo y en el 44% de la red municipal, estando en casi su totalidad (91%) tratadas con Cloro y/o Peróxidos.
  • Un 96% utiliza coccidiostáticos en el pienso de la coneja.
  • El pienso de las reproductoras contiene una media de 0,78 antibióticos, aunque con una evolución clara a la baja.
  • La mortalidad media al destete fue de 0,26% gazapos por día, que con una media de destete a los 35,97 días resulta en una mortalidad media en lactación del 9,35%.
  • Un 46% realiza restricciones de pienso o agua en los engordes
  • El engorde dura una media de 29,04 días, con una mortalidad media de 0,36% conejos por día que representa un 10,45% de mortalidad media total del engorde.
  • La productividad media (con datos del 2019) fue de un peso final de 2,16 Kg por conejo y 13,70 Kg por inseminación.

Grafico 7. Análisis entre dos variables continuas, mortalidad en %/día y productividad Kg/inseminación

El estudio de variables que tienen correlación significativa con los datos productivos, es decir que variables de microbiología y manejo influyen en la mortalidad, es la finalidad real del proyecto.

Se elige la mortalidad como principal causa de pérdida de producción porque existe una relación causa-efecto muy alta:

Tabla 3.

Factores que influyen en la mortalidad al destete:

Realizando un análisis de correlación múltiple identificamos los factores que como mínimo influyen en la mortalidad al destete con un valor significativo P < 0,05, aunque en algunos casos también se tienen en cuenta los que marcan una tendencia de probabilidad P<0,1.

Es importante remarcar que al estar analizando factores que se ven influenciados por muchas variables, las R2 (coeficiente de determinación) serán bajas para decirnos que, aunque encontremos resultados significativos, ninguno de ellos es decisivo.

Cruzando mortalidad al destete con los resultados del laboratorio de diagnóstico se observa una influencia significativa de:

  • La carga microbiológica de E. coli (P=0,05)
  • La carga microbiológica de Bacillus (P=0,07) que, aunque no sean bacterias patógenas, sí que son indicadoras de alteraciones en la microbiota del conejo
  • PCR positivo de E. coli gen eae (P=0,06)
  • PCR positivo de Rotavirus A (P=0,002)

Otros resultados de diagnóstico que deberían influenciar en la mortalidad, como son los positivos a Eimeria y a Clostridium no se observan en este estudio estadístico, seguramente por ser datos de granjas en funcionamiento que tan pronto se detectan síntomas de Coccidiosis o de Clostridiosis, se realiza un tratamiento curativo que minimiza las consecuencias de estas enfermedades.

Los factores de manejo que varían significativamente la mortalidad al destete son:

El tipo de explotación, siendo las abiertas (mortalidad del 0,21% gazapos / día en lactación) o semiabiertas (0,15%) las que obtienen mejores resultados medios de mortalidad al destete. Las granjas cerradas mostraron una mortalidad de 0,27%.

La realización de restricciones de pienso o agua en el cebo muestran mayor mortalidad al destete (0,24%) que las que no lo realizan (0,28%), son resultados lógicos cuando esta es una práctica que se realiza en las granjas con más historial de problemas digestivos en engorde.

La edad del destete (P=0,0001 – R2=0,044) muestra una correlación negativa de -0,21, es decir a más edad tienen los gazapos en el destete menos mortalidad se observa. Esta relación no es lineal, pudiéndose observar que los mejores resultados se obtienen en edad de destete entre 37 y 47 días, aumentando esta para los mayores o menores del rango indicado.

Grafico 8. Análisis de correlación entre mortalidad al destete y edad al destete

Factores que influyen en la mortalidad del engorde:

La mortalidad en el engorde es el factor más importante que podemos analizar en este estudio para optimizar la producción de carne de conejos, sin olvidar que existen otros datos productivos importantes que no podemos analizar con nuestros datos. Por ejemplo, rendimiento de canal e índice de conversión que mejoran a mayor edad de sacrificio(4).

Grafico 9. Análisis de medias de mortalidad en el engorde según el país y el año.

Nuestro estudio revela que la mortalidad del engorde muestra diferencias según el país (P<0,0001) y según el año (P<0,0001), consecuencia clara de la ley del medicamento y el uso responsable de antibióticos. Actualmente hay un menor consumo de antibióticos en pienso de engorde en España (1,66 de media) que en Portugal (2,53) y este consumo ha descendido del 2017 (2,17) al 2019 (1,61).

Cuando buscamos los resultados de laboratorio que más influyen en la mortalidad del engorde vemos que ninguno de ellos tiene relación significativa P<0,1 seguramente por los antibióticos utilizados en prevención y tratamiento de las enfermedades bacterianas.

Sólo la cantidad de Rotavirus A influye significativamente (P=0,04) de forma que a mayor cantidad de Rotavirus A se observa una mayor mortalidad en el engorde.

Las Oxyuriosis están perfectamente controladas ya que sólo 1 muestra de 382 ha sido positiva.

En el análisis de la mortalidad en engorde según el antibiótico o la combinación de antibióticos utilizados en el pienso se observan diferencias cuantitativas, pero no significativas, por lo que se deduce que en cada situación se van variando los tratamientos preventivos hasta encontrar aquellos que son más eficaces.

Las diferencias tampoco se observan entre usar uno o más antibióticos y lo mismo ocurre con los tratamientos antibióticos en agua.

Otros factores de manejo que varían significativamente (P<0,1) la mortalidad del engorde son:

  • El tipo de explotación, siendo las abiertas (mortalidad de 0,29% conejos / día en engorde) o semiabiertas (0,25%) las que obtienen mejores resultados medios de mortalidad. Las granjas cerradas mostraron una mortalidad de 0,34%.
  • El tamaño de explotación también mostró significancia, siendo las granjas pequeñas de menos de 500 conejas las que mostraban una mayor mortalidad media de 0,47% conejos/día. No existen diferencias importantes entre las granjas de tamaño medio (de 500 a 1500 conejas) y las de tamaño grande (más de 1500 conejas), cuyas mortalidades medias eran de 0,36% para ambas.
  • También se observa que el número de bandas con las que se trabaja influye sobre la mortalidad en el engorde (P=0,05), de manera que trabajar con una sola banda es la que menos mortalidad en el engorde provoca.
  • El realizar restricciones o el no hacerlas parece ser que no varía la mortalidad del engorde, esto se explica por el hecho de que las restricciones se realizan justamente en las granjas más conflictivas para normalizar la producción. En ese caso podemos decir que las restricciones funcionan, aunque se observan mejores resultados con las restricciones de pienso que con las de agua, con mortalidades medias del 0,33% y 0,46% respectivamente.
  • El origen del agua de bebida que se utiliza muestra diferencias, siendo menor la mortalidad en aquellas granjas que usan agua de pozo que en las que usan el agua de red municipal. Este resultado puede venir relacionado con la calidad y los tratamientos de higienización del agua que se realizan. Un 95% de las granjas con agua de pozo mejoran la calidad del agua, mientras que las que usan agua de la red lo hacen en un 86%.

Grafico 10. Análisis de medias de mortalidad según el tipo de restricción.

Grafico 11. Mosaico de grupos según grupos de mortalidad al destete y grupos de mortalidad en cebo.

 

Grafico 12. Análisis de correlación entre la mortalidad en engorde y duración del engorde.

La duración del engorde si influye y mucho en la mortalidad del engorde, al igual que mejora el IC y el RC (4). De forma que a mayor duración del engorde menor mortalidad final con un valor de P<0,001 y una R2 alta de 0,18.

 

Un factor muy importante es la mortalidad al destete ya que, a mayor mortalidad en el destete, mayor mortalidad en el engorde, con P=0,0027 y R2 de 0,028. En el análisis de grupos se observa que granjas con mortalidad alta en el destete, es decir mayor del 17%, no tienen ningún engorde con mortalidad baja, menor del 5% y en la misma dirección, las granjas con mortalidades bajas en el destete (<10%) tienen menor cantidad de mortalidades altas (>10%) en el engorde

Como hemos comentado, los tratamientos antibióticos en el pienso de engorde no influyen en la mortalidad final, pero el uso de antibióticos en el pienso de la coneja reproductora sí que varía la mortalidad del engorde. De esta forma de usar cero antibióticos a utilizar 2 en el pienso de la coneja, existe una correlación negativa con la mortalidad del engorde (P=0,036), pero como su R2 es muy baja (0,015) tenemos que pensar que el trabajar sin antibióticos en el pienso de las conejas no tiene que ser un gran problema al existir otros factores donde trabajar para mejorar dicha mortalidad.

Y en la misma línea y en consecuencia de la duración del engorde, el peso de salida del conejo también tiene una correlación con la mortalidad del engorde P<0,001 y R2=0,33.

Conclusión

Hay que ser consciente de que los datos se han recogido de granjas que están funcionando de forma normal, que sus pautas de manejo y medicaciones actuales han sido seleccionadas por su eficacia, también hay que mencionar que la estadística es una ciencia que se basa en las probabilidades de que una dependencia o correlación no ocurra al azar.

Es por esto que debemos utilizar los ISEC como una herramienta meramente orientativa que no puede sustituir los diagnósticos clínicos del veterinario ni los análisis de muestras en laboratorio en el caso de tener brotes de enfermedad.

En conclusión, podemos decir que según los datos analizados en el proyecto ISEC:

  • Tendremos una menor mortalidad en el destete cuanto menor sea la carga microbiana de E. coli y la carga de Bacillus, si no tenemos presencia por PCR de E. coli gen eae ni de Rotavirus y si nuestro manejo incluye un destete tardío y no necesita de restricciones en el engorde. Sin olvidar el tratar las posibles enfermedades que se presenten, coccidiosis, clostridiosis o colibacilosis principalmente (1)(3)
  • Tendremos una menor mortalidad en el engorde cuanto menor sea la carga vírica de Rotavirus y si nuestro manejo incluye el trabajar con 1 banda, realizar tratamientos de higienización del agua de bebida independientemente de la procedencia, conseguir una mortalidad al destete baja y alargar tanto como podamos la duración del engorde.

Tabla 4. Resumen de los ISEC:

La correlación si es positiva indica a más X más Y, negativa indica a menos X más Y, siendo X, Y las dos variables relacionadas. El Valor P a menor valor, mayor probabilidad de que la relación entre X e Y no se deba al azar. [/registrados]

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Oriol

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